השנה היא 1998, ומכל רחבי תבל מתחילים להגיע דיווחים על איתור חלליות משונות בשמיים. לאט-לאט, צצות שמועות אודות חטיפות והתנגשויות אלימות מצד החיזרים. אומות העולם לא יכולות לשבת בשתיקה, והן מנסות להתמודד עם התופעה החדשה, כל אומה בכוחות עצמה. אולם, לאחר כישלון חרוץ של הניסיון הזה, העולם מגיע למסקנה שכדי להתגבר על הבעיה - הוא חייב לאחד כוחות. כך, ב-11 בדצמבר 1998, מתכנסות לישיבת חרום עשר המדינות החזקות ביותר בעולם ומחליטות על הקמת כוח-משימה מיוחד שייעודו לחסל כליל את בעית החיזרים - X-COM. כשלושה שבועות לאחר אותה החלטה היסטורית, מוקם הבסיס הראשון של יחידת X-COM.
את המשחק אתם מתחילים עם בסיס בודד, שם מרוכזים כל כוחותיכם. אתם מקבלים את הפיקוד על 3 חלליות - 2 חלליות קרב ועוד חללית למטרת איסוף חפצים למחקר. עליכם להשתמש בחלליות האלו כדי לפטרל בעולם, לאתר חלליות אויב וליירט אותן. במקביל, עליכם לפעול למען הרחבת הפעילות שלכם בעולם - בין אם על ידי בניית בסיסים נוספים או הרחבת הקיימים ובין אם על ידי מחקר, פיתוח, גיוס עובדים/חיילים חדשים וניהול נבון של העומד לרשותכם. זאת אינה משימה פשוטה כלל, שכן ניהול כושל עלול לגרום למדינות העולם "לסגור את הברז" ולהפסיק לממן את פעילותכם, ולכן עליכם להגיע להישגים ממשיים אם ברצונכם לשרוד.
כאשר אתם שולחים חללים לנחות במקום בו האויב נמצא, המשחק עובר למצב של קרב טקטי מבוסס-תורות. עליכם ללחום בחיזרים ולהכריע אותם על ידי הריגתם או לקיחתם בשבי. את השלל שתאספו מהתקלות כזו, כמו גם את החיזרים שתיקחו בשבי, תוכלו לנצל למטרות מחקר. בעזרת הטכנולוגיות החדשות שתגלו, ההתמודדות עם החיזרים תהפוך להיות קלה יותר.
X-COM: UFO Defense (או בשמו האירופאי, UFO: Enemy Unknown) הוא משחק שנוגע הן בפן הטקטי והן בפן האסטרטגי של ניהול קרבות, וכשמשחק כזה מגיע עם עלילה, גרפיקה, סאונד, ויכולת שליטה כל כך מרשימים, אין פלא שהוא נחשב אחד המשחקים הטובים ביותר אי פעם.