"קומנדר קין - מכונת הארמגדון" הינו הפרק השני מתוך תת-הסדרה "קומנדר קין: להתראות, גלקסיה!" (שהגיעה לאחר טרילוגיית "קומנדר קין ופלישת הוורטיקונים"), והיא כוללת פרק אחד נוסף.

בפרק הקודם, הגיבור שלנו, בילי בלייז - הידוע גם בכינויו "קומנדר קין" - המריא אל החלל החיצון בחיפוש אחד זן החוצנים המסתורי - השיקדי - אשר זוממים להשמיד את היקום. קין תכנן להעזר בחברי המועצה העליונה של הגנוסטיקנים, היושבים בכוכב גנוסטיקוס 6. אולם, עם ההגעה לשם, קין גילה שחברי המועצה נחטפו על ידי השיקדי! בלית ברירה, קין נאלץ לשנות את תוכניתו המקורית ולטוס אל ארצות האופל, שם הוא הצליח לשחרר את חברי המועצה הקדמונים.

לאחר שקין שחרר את חברי המועצה משוביים, הם הפעילו את מקור הידע והחוכמה שלהם - האורקל. האורקל גילה לקין שהשיקדי כמעט והשלימו מכונה שכל מטרתה היא להשמיד את היקום!

בפרק הזה, קין מתגנב אל תוך ה"אומגמטיק" - תחנת החלל של השיקדי - ומנסה בכל כוחו להספיק לנטרל אותה, לפני שיהיה מאוחר מדי...